Какой вред может быть для моего сайта от исходящих ссылок?

1. Если Вы сделали на своем сайте линкопомойку ( большое количество нетематических ссылок ) то Ваш сайт вполне может быть забанен за это поисковыми системами.

За естественные ссылки, которые могут быть полезны посетителям, Ваш сайт никто не забанит. Как и за тематический обмен. Разумеется, граница может варьироваться и сателлит с минимальным контентом, сделанный только для "тематического" обмена тоже может быть признан модератором ПС неинтересным для индексации.

2. Как влияют исходящие ссылки на ТИЦ моего сайта?
Никак. ТИЦ определяется только внешними факторами.

3. Как влияют исходящие ссылки на ПР моего сайта?
Количество исходящих ссылок косвенным образом влияет на ПР страницы за счет того, что внутренние ссылки передают меньший вес другим страницам сайта и, соответственно, получают меньший вес с обратных ссылок.

Влияние сильно зависит от пропорции и количества внутренних\внешних ссылок на странице и уровня вложенности.

Пример:
Если на главной странице 100 внутренних ссылок и 3 внешних, то внешние ссылки практически не повлияют на вес "обратки". Если на главной 10ть внутренних и 100 внешних, то вполне вероятно, что это это снизит ПР главной страницы.

Пример:
100 внешних ссылок на главной сайта могут снизить вес обратных ссылок. А 10ть исходящих на странице третьего уровня вложенности - крайне несущественно.

Речь шла про ПР, но эти рассуждения можно применить и для "веса" ссылок в Яндексе.

4. Как правильно закрыть ссылки от индексации?

Для Яндекса и Рамблера:

Пример:
"noindex"
Код счётчика.
"/noindex"

5. Что еще сделать для повышения эффективности перелинковки?

Убедиться, что на сайте нет "битых" ссылок, ведущих на несуществующую страницу. Закрыть ссылки, ведущие на документы, не подлежащие индексации. Закрыть ссылки на флешь-документы, не имеющие текста или ссылок.

Нужно ли закрывать все исходящие ссылки? Нет, наличие нескольких естественных исходящих ссылок не повредит Вашему сайту.